Indonezja leży w strefie klimatu równikowego wilgotnego, z obfitymi opadami deszczu i wysoką średnią temperaturą powietrza. W ciągu roku wilgotność, wiatry i zachmurzenie ulegają zmianie, natomiast temperatura nic wykazuje większych wahań. Wyspy Indonezji układają się wzdłuż równika, co sprawia że warunki klimatyczne są wszędzie podobne. Biorąc jednak pod uwagę rozległość archipelagu i liczbę wysp nie dziwi pewne zróżnicowanie. Niektóre tereny są wyjątkowo suche i gorące, inne, zwłaszcza te wyżej położone - zimne z dużą ilością opadów.
Najobfitsze opady występują w Indonezji na terenach wokół szczytu Slamet w centralnej części Jawy. Rocznie spada tam 7000 mm deszczu, co daje wysokość słupa wody wystarczającą do zatopienia jednopiętrowego domu. Od 5000-6000 mm deszczu otrzymują rocznic południowe stoki Gór Śnieżnych i góry na półwyspie Ptasia Głowa w Irianie Zachodnim oraz zbocza gór Barisan - głównego pasma górskiego Sumatry. Ilość wody spadająca na ziemię w czasie tropikalnej burzy jest trudna do wyobrażenia. Stojąc na takim deszczu ma się wrażenie, jakby lały się strugi letniej wody z prysznica. Nic dziwnego, że życie wtedy ustaje, a ludzie szukają schronienia przed ulewą. W trakcie największej ulewy zanotowanej w Indonezji spadło w ciągu jednego dnia 802 mm deszczu a przez kolejnych 13 dni 3220 mm. Ówczesny rekord wyniósł 80 mm opadu w ciągu pół godziny.
Na drugim biegunie skrajności znajduje się dolina rzeki Palu w środkowej części Celebesu z opadami wynoszącymi 500 mm rocznic oraz niektóre miejsca na Małych Wyspach Sundajskich, otrzymujące mniej niż 1000 mm deszczu w ciągu roku. Wiele wysp tego archipelagu jest dość suchycha ze średnią roczną sumą opadów nie przekraczającą 2000 mm. Zdecydowaną większość Indonezji cechuje jednak duża wilgotność z opadami w granicach 2000-4000 mm rocznie.
Wahania temperatury powietrza w ciągu roku są niewielkie, utrzymuje się ona zwykle na stałym poziomic i mierzona na poziomic morza wynosi 30-34°C. Podobną stałość wykazuje wilgotność względna powietrza, wysoka w całym kraju, z wyjątkiem bardziej suchych wysp na południowym wschodzie. W większości rejonów Indonezji Zachodniej i wilgotność Irianie Zachodnim wilgotność względna powietrza sięga nocą 100%, żeby w południe spaść do 30-55%.
